Tras la reconquista de Zaragoza en 1118 por Alfonso I El Batallador pasó a ser residencia de los reyes cristianos de Aragón, con lo que la Aljafería se convirtió en el principal foco difusor del mudéjar aragonés. Fue utilizada como residencia regia por Pedro IV el Ceremonioso y posteriormente, en la planta principal, se llevó a cabo la reforma que convirtió estas estancias en palacio de los Reyes Católicos en 1492.
Actualmente acoge las Cortes de Aragón.
